Это довольно просто. Если вы проверите руководство по keytool, вы увидите следующее:
$ keytool -importcert -help
keytool -importcert [OPTION]...
Imports a certificate or a certificate chain
Options:
... removed for clearity
-cacerts access the cacerts keystore
Чтобы избавиться от этого предупреждения, вы должны использовать опцию -cacerts вместо вызова хранилища ключей cacert:
keytool -import -trustcacerts -keystore -cacerts -storepass changeit -noprompt -alias my_root_ca.pem -file /usr/share/ca-certificates/foo/my_root_ca.pem