В этом методе:
ReadJson IDI = new ReadJson();
boolean IsDisadvantage = IDI.getDis();
if(IsDisadvantage = true) {
System.out.println("Disadvantage Activated\n");
setDisadvs();
} else if(IsDisadvandage = false) {
System.out.println("Disadvantage Deactivated\n");
}
Всегда возвращается true , даже если установлено значение false.