Вплоть до scipy 1.4.0 scipy.dot было точно таким же, как numpy.dot, и scipy.dot is numpy.dot возвращало бы True. Начиная с версии 1.4.0, scipy.dot устарела, как и все другие имена numpy, которые были скопированы в пространство имен scipy. Вы можете прочитать об этом в примечаниях к выпуску SciPy 1.4.0 . Функция-обёртка для scipy.dot, которая генерирует предупреждение об устаревании, больше не является тем же функциональным объектом, что и numpy.dot, поэтому scipy.dot is numpy.dot возвращает False в scipy 1.4.0 и более поздних версиях.