Вы должны добавить это к своим RewriteConds:
# if request is not for the /admin/
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/admin/ [NC]
Лично я использую этот код для удаления расширения. php:
# enable url rewriting
RewriteEngine On
# remove .php
RewriteCond %{THE_REQUEST} /([^.]+)\.php [NC]
RewriteRule ^ /%1 [NC,L,R]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME}.php -f
RewriteRule ^ %{REQUEST_URI}.php [NC,L]
Кроме того, вы должны только ввести ПерепишитеEngineOn только один раз в верхней части файла.