Следующее решение может работать для вас.
Преобразуйте ваши данные в фрейм данных, используя pandas, вот как это должно выглядеть:
date x y
0 1854-11-09 314.2 567.9
1 1854-11-17 322.8 678.9
2 1854-11-17 432.8 435.0
3 1854-11-21 678.9 476.2
4 1854-11-21 872.7 892.0
Затем используйте группирование по дате 'и для значений каждой группы используйте график рассеяния matplotlib для построения координат или точек xy.
for group, values in data.groupby(data['date']):
plt.scatter(values['x'], values['y'], c ='r')
plt.show()
Наконец, вот так будет выглядеть график: