Если веб-работа такая же, azure перезапишет ее. А в вашем случае на самом деле это новый webjob, поэтому он создает новый.
Если у вас есть только один webjob, и вы хотите изменить тип и не хотите сохранять его после развертывания, вы можете установить Delete Existing Files
в true.
Если у вас более одного веб-задания, его необходимо удалить на портале или go для веб-куду и удалите его из папки app_data
.