Это не только временная метка - для сопоставления с PDB используется встроенный GUID - как объясняет Джон Роббинс .
Более того, нет никакого способа заставить компилятор генерировать согласованные результаты, как объясняет Джим Грисмер -
Авторы компиляторов гораздо больше заинтересованы в создании правильно функционирующего кода и его быстрой генерации, чем в том, чтобы все, что генерируется, было одинаково размещено на вашем жестком диске. Из-за многочисленных и разнообразных методов и реализаций для оптимизации кода всегда возможно, что одна сборка закончилась немного большим количеством времени, чтобы сделать что-то дополнительное или отличное от другой сборки. Таким образом, конечный результат может быть другим набором битов для той же функциональности.
Таким образом, порядок функций и секций не гарантированно будет последовательно упорядочен в результирующем PE. Пример по ссылке.