У меня есть файл, который содержит частичное имя файла и информацию о позиции, которую нужно искать в имени файла (sample_position.csv).
Sample Position
118921 41790211
126130 157414064
126130 59506517
126130 26910423
126130 139907721
Каждый образец соответствует файлу .txt, который начинается с номера образца и имеет несколько столбцов, где один из них является столбцом позиции, как в sample_position.csv. Таким образом, у меня есть более 500 файлов, у некоторых есть одна позиция для поиска, у некоторых есть больше. Позиция 2 столбца в каждом текстовом файле. Я ищу извлечение строк из каждого файла TXT, где имя файла TXT соответствует номеру образца и ищет соответствующую позицию в этом файле.
Пример файла .txt (118921):
CHROM START REF ALT GENE_NAME TRANS_TYPE GENE_STRAND
chr1 13418 G A DDX11L1 OTH + NCT n.415-35G>A
chr1 13418 G A DDX11L1 OTH + EXONIC-NC n.666G>A
chr1 13418 G A DDX11L1 OTH + EXONIC-NC n.659G>A