Мне нужно отладить простой java файл, я установил точку останова, коснулся значка ошибки и запустился, но он не останавливается на точке останова и только запускает файл.
Cloud9 не поддерживает отладку для всех языков. Java отладка не поддерживается. Вот полный список уровней поддержки языков в Cloud9: https://docs.aws.amazon.com/cloud9/latest/user-guide/language-support.html