Этот сценарий autogen.sh представляется концептуально разбитым, объединяя два совершенно разных шага (создание configure с соответствующими файлами и запуск configure) в один без веской причины, и фактической реализацией этой сломанной концепции. используя прерванный способ передачи аргументов командной строки дочернему процессу configure.
Если вы можете заменить вызов autogen.sh на вызов autoreconf -vis ., просто сделайте это и проигнорируйте прерванный autogen.sh:
autoreconf -vis .
./configure CXXFLAGS="-Ifoo -Ibar" --prefix=/what/ever --and-so-on
make
make install
Если вам абсолютно необходимо использовать этот скрипт autogen.sh и не можете просто заменить его вызовом autoreconf -vis ., вызовите autogen.sh с единственным параметром --help, чтобы он не мог выполнение configure с любыми последствиями.
Одиночный аргумент --help не содержит пробелов, и поэтому даже сценарий autogen.sh с ошибками цитирования оболочки должен правильно передавать его в configure. Теперь autogen.sh должен сначала выполнить настройку системы сборки, а затем запустить configure --help, который ничего не делает, кроме как выводить на консоль кучу сообщений.
Затем вы можете запустить фактическую команду configure с правильными параметрами потом:
./autogen.sh --help
./configure CXXFLAGS="-Ifoo -Ibar" --prefix=/what/ever --and-so-on
make
make install