Если у вас есть координаты прямоугольника, который вы хотите сохранить:
Bitmap croppedBmp = Bitmap.createBitmap(originalBmp, rectanglePositionX, rectanglePositionY, rectangleWidth, rectangleHeight);
Или вы можете попробовать: BitmapFactory.decodeStream(InputStream is, Rect outPadding, Options opts)
или BitmapFactory.decodeFileDescriptor(FileDescriptor fd, Rect outPadding, Options opts)
, где в Rect outPadding вы будете установите координаты прямоугольника, который вы хотите сохранить.