Проблема не в том, что этот аргумент не передается функции (он есть), проблема в том, что вы не «перехватываете» его через именованный параметр. Это работает, например,
apply(A, 1, function (x, ..., arg1) { cat("argument arg1: "); print(arg1); }, arg1 = 10)
И мы можем использовать эту переменную как arg1
в функции, потому что мы ее перехватили. В противном случае он остается внутри ...
, поэтому вы можете передать его другой функции. Например, мы можем просто передать все в список следующим образом ...
apply(A, 1, function (x, ...) { print(list(...)) }, arg1 = 10)
Так как ваша функция использует ...
, те значения, которые не названы, остаются "в" точках. Чтобы получить их, вам нужно захватить их как аргументы.