Если вы проверите документы здесь , вы можете передать $options
(4-й аргумент yii\helpers\Html::checkboxList
) item
ключ анонимной функции, где вы можете явно указать визуализацию HTML структура вашего списка флажков, как это:
<?= Html::checkboxList('cities', null, $cities, [
'item' => function($index, $label, $name, $checked, $value) use ($cities) {
return "<label class='checkbox col-md-4'>
<input type='checkbox'
{$checked}
name='{$name}'
value='{$value}'
id='" . $cities[$index]->city_id . "'>
{$label}
</label>";
}
]);
?>