Я использую в соответствии с документацией Spring этот плагин Maven:
<plugin>
<groupId>org.springframework.boot</groupId>
<artifactId>spring-boot-maven-plugin</artifactId>
<version>2.2.5.RELEASE</version>
<dependencies>
<dependency>
<groupId>org.springframework.boot.experimental</groupId>
<artifactId>spring-boot-thin-layout</artifactId>
<version>1.0.24.RELEASE</version>
</dependency>
</dependencies>
</plugin>
И он генерирует очень тонкую банку ТОЛЬКО с моими классами и ничего больше. Нет вообще файла Manifest.mf (поэтому он не запускается) и класса ThinJarWrapper, как и ожидалось. Это действительно нужно больше настроек?