Два основных варианта
1) Метод WorkflowDesigner.Save () (System.Activities.Design (Beta1) /System.Activities.Presentation (Beta2))
2) Метод XamlServices.Save () (System.Xaml) с сохраняемым объектом (графом объектов) EditingContext.ModelTreeManager.Root
Попробуйте WorkflowDesigner.Save () в качестве первого варианта и используйте XamlServices (), если вам нужно что-то, что не работает в WorkflowDesigner.Save (), так как есть более низкоуровневые параметры управления. имеется.