Я хотел бы сделать конкретный c график из PCA (как показано на рисунке, который я прикрепил), кроме классов c 1D pca. Для создания моего классового c 1d графика я использую этот скрипт:
import matplotlib.pyplot as plt
u = mda.Universe("xxx.pdb")
ca = u.select_atoms('name CA')
pca = PCA(u, select='name CA').run()
n_pcs = np.where(pca.cumulated_variance > 0.95)[0][0]
reduced_data = pca.transform(ca, n_components=n_pcs)
plt.xlabel('No. of State')
plt.ylabel('[$\AA$]')
plt.title('PCA1')
plt.plot(reduced_data [:, 0], "-o")
plt.savefig('something.png')
Этот код дает мне классовый c 1D график PCA, но я загрузил изображение того, что я хотел бы добавить к этому графику, но я не могу понять, как. В частности, я хотел бы иметь эту гистограмму на правом краю, которая бы указывала, сколько выборок соответствует конкретным кластерам - и это было бы в виде функции плотности вероятности.
