Как я могу убедиться, что графики не обрезаны при сохранении в формате JPEG в r? - PullRequest
Новая
       11

Как я могу убедиться, что графики не обрезаны при сохранении в формате JPEG в r?

1 голос
/ 14 февраля 2020

Я создал комбинированный график с ggarrange, который хорошо выглядит в окне графика, однако, когда я сохраняю его в формате JPEG в формате A4, 300 точек на дюйм, я замечаю, что условные обозначения графика A и заголовки коробчатых участков для графика B обрезаются выкл, как если бы они не были изменены соответствующим образом для указанного мной размера. Я также заметил, что размер шрифта в легенде больше, чем он выглядит на R до сохранения.

Сохраненное изображение в формате jpeg Saved image as jpeg

Снимок экрана от R studio Screenshot from R studio

Это коды для моих графиков:

Участок A 

taxaplot2 <- ggplot(group, aes(x = variable, y = value, fill = Species)) +
  geom_bar(position = "fill", stat = "identity") +
  scale_fill_manual(breaks = Species2, values = Cb64k) +
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  theme(legend.position = "bottom", text=element_text(size=11),
        axis.text.x = element_text(angle=0, vjust=1)) +
  guides(fill = guide_legend(ncol=5)) +
  facet_grid(cols=vars(group), scales = "free_x", space = "free_x") +
  ggtitle(opt$gtitle) +
  xlab("Patient ID") + ylab("Relative Abundance")

Участок B 

pl <- ggplot(df.humann2.sub.all4, aes(x=as.factor(PEDIS), y=PathAbundance, fill=as.factor(PEDIS)))
pl <- pl + geom_boxplot()
pl <- pl + facet_wrap(~ variable)

Объединение графиков и экспорт 

combined_plot <- ggarrange(taxachart2, pl, heights = c(4,1.75), labels=c("A","B"), ncol=1, nrow=2)

jpeg("test2.jpeg", units = "in", width = 8, height = 11, res=300)
combined_plot
dev.off()

Как я могу убедиться, что сохраненное изображение будет выглядеть точно так же, как на скриншоте выше?

...