Вы хотите отменить указанные c дела? Насколько я знаю, это в настоящее время невозможно в spaCy.
Я бы предложил либо переучить с нуля исправленные аннотации, либо продолжить обучение с обновленными аннотациями. Если вы продолжаете тренировку, убедитесь, что вы продолжаете кормить репрезентативный набор для вашей модели, чтобы он не "забывал" случаи, которые он уже правильно предсказал ранее.