Как использовать apply () для нормализации матрицы данных по заданным c столбцам - PullRequest
Новая
       42

Как использовать apply () для нормализации матрицы данных по заданным c столбцам

0 голосов
/ 20 января 2020

Я пытаюсь нормализовать значения в матрице относительно моих элементов управления (R247, R235, R241).

My coldata: 

        Condition  Tank
R235      Control    T6
R236  LowExposure    T6
R239 HighExposure    T6
R241      Control    T8
R242  LowExposure    T8
R245 HighExposure    T8
R247      Control T14_3
R248  LowExposure T14_3
R250 HighExposure T14_3

и моя матрица mydata: 

                       R235      R236      R239      R241      R242      R245     R247      R248      R250
ENSDARG00000033160 11.91873 10.899929 10.831388 12.092478 11.564555 10.908011 11.67680 11.168115 10.414632
ENSDARG00000013522 12.39036 11.692673 11.439107 12.440952 11.841307 11.118888 12.13594 11.634806 11.336330
ENSDARG00000103295 10.54697 10.004169  8.753556 10.659075  9.980232  8.511240 11.11711 10.690518  9.240825
ENSDARG00000056765  9.18106  8.488917  7.431641  9.440119  8.830816  7.901337 10.39879  9.899546  8.142807
ENSDARG00000087303 11.07447 10.765197 11.682291 11.010172 10.380666 11.487207 11.05384 10.526109 11.962465
ENSDARG00000018478 11.51562 11.000702 10.382845 11.597848 11.218944 10.185381 11.61043 11.214280 10.614338

Я извлекаю контрольные образцы с помощью: 

x <- which(coldata$Condition %in% "Control")
control <- row.names(coldata[x,])

Подобно преобразованию z-показателя, я хотел бы использовать среднее значение и sd, но только из контрольных групп для преобразования набора данных, например (x - mean [control]) / sd [control] с что-то вроде: 

function(x){
(x - rowMeans[,control])/apply(matrix[,control],1,sd)
}

, а затем используйте apply() для запуска этого через mydata, например: apply(mydata, 1, function(x)), но я не знаю, как правильно написать это как функцию, которую можно использовать с помощью apply , Любая помощь высоко ценится. Спасибо!

Ответы [ 2 ]

0 голосов
/ 20 января 2020

@ ThomasIsCoding большое спасибо за вашу помощь! Я разобрался с этим по: 

ctrM <- apply(mydata[,control], 1, FUN = mean)
Sd <- apply(mydata, 1, FUN = sd)
new <- (mydata - ctrM)/Sd #centering around ctrM and scaling with Sd

Извините, что не предоставил информацию о своей структуре данных, но теперь это работает :) Я также понял, что для масштабирования строк мне нужно использовать общий Sd для всего ряда, а не только для среднего. Следовательно, я сосредотачиваюсь на среднем значении контроля и шкале для Sd строки. Это делает работу сейчас.

0 голосов
/ 20 января 2020

Может быть, вы можете попробовать следующий код 

ctr<-c(mydata[,control])
mydata <- (mydata - mean(ctr))/sd(ctr)

такой, что 

> mydata
                         R235       R236       R239       R241         R242       R245       R247
ENSDARG00000033160  0.7649126 -0.3416566 -0.4161023  0.9536287  0.380225962 -0.3328783  0.5021407
ENSDARG00000013522  1.2771728  0.5193811  0.2439708  1.3321233  0.680819738 -0.1038346  1.0008349
ENSDARG00000103295 -0.7250225 -1.3145850 -2.6729365 -0.6032598 -1.340584125 -2.9361276 -0.1057658
ENSDARG00000056765 -2.2086036 -2.9603737 -4.1087325 -1.9272271 -2.589020615 -3.5985729 -0.8859680
ENSDARG00000087303 -0.1520791 -0.4879955  0.5081047 -0.2219163 -0.905653327  0.2962145 -0.1744864
ENSDARG00000018478  0.3270753 -0.2322021 -0.9032866  0.4163871  0.004841085 -1.1177618  0.4300530
                            R248       R250
ENSDARG00000033160 -0.0503667586 -0.8687612
ENSDARG00000013522  0.4565289817  0.1323397
ENSDARG00000103295 -0.5691080347 -2.1436899
ENSDARG00000056765 -1.4282211043 -3.3363006
ENSDARG00000087303 -0.7476806273  0.8124153
ENSDARG00000018478 -0.0002247121 -0.6518508

ДАННЫЕ 

 coldata <- structure(list(Condition = c("Control", "LowExposure", "HighExposure", 
"Control", "LowExposure", "HighExposure", "Control", "LowExposure", 
"HighExposure"), Tank = c("T6", "T6", "T6", "T8", "T8", "T8", 
"T14_3", "T14_3", "T14_3")), class = "data.frame", row.names = c("R235", 
"R236", "R239", "R241", "R242", "R245", "R247", "R248", "R250"
))

mydata <- structure(c(0.764912614946124, 1.27717284283513, -0.725022482925137, 
-2.20860361193701, -0.152079137057719, 0.327075283851119, -0.341656586405671, 
0.519381138288775, -1.31458498734254, -2.96037370907202, -0.487995549202655, 
-0.232202141300273, -0.416102292318654, 0.243970801913007, -2.67293645010139, 
-4.10873247484514, 0.508104744323286, -0.90328660925782, 0.95362874851536, 
1.3321232689093, -0.603259802757428, -1.92722706172457, -0.221916314787733, 
0.416387104598013, 0.380225961822725, 0.680819737852109, -1.34058412453691, 
-2.58902061521661, -0.905653326889375, 0.00484108465005354, -0.332878334043016, 
-0.103834591964374, -2.93612761559372, -3.59857285819956, 0.296214545867932, 
-1.11776184119785, 0.502140702783651, 1.00083493562074, -0.105765764038217, 
-0.885967971059041, -0.174486381086619, 0.430053025314037, -0.0503667586240605, 
0.456528981709989, -0.569108034749636, -1.42822110426138, -0.747680627262844, 
-0.000224712061085116, -0.868761206158128, 0.132339715167575, 
-2.14368994546163, -3.33630057435765, 0.812415320598279, -0.651850829229599
), .Dim = c(6L, 9L), .Dimnames = list(c("ENSDARG00000033160", 
"ENSDARG00000013522", "ENSDARG00000103295", "ENSDARG00000056765", 
"ENSDARG00000087303", "ENSDARG00000018478"), c("R235", "R236", 
"R239", "R241", "R242", "R245", "R247", "R248", "R250")))
...