Уже решил сам. Для всех, кто интересуется, следующий код сделал свое дело:
var chartXml = chart.ChartXml;
var nsm = new XmlNamespaceManager(chartXml.NameTable);
var nsuri = chartXml.DocumentElement.NamespaceURI;
nsm.AddNamespace("c", nsuri);
var textNode = chartXml.SelectSingleNode("c:chartSpace/c:chart/c:plotArea/c:catAx/c:auto/@val", nsm);
if (textNode != null)
textNode.Value = "0";