PHP Code Sniffer в основном используется для обнаружения нарушений данного стандарта кодирования, такого как PSR-2. Он имеет конфигурации для разных стилей, и вы можете настроить вручную каждое из правил.
PHP Mess Detector больше ориентирован на качество самого кода - например, сложность функций, ненужные конструкции, правила, которые определяют чистый код и т. д. c. Точно так же вы можете настроить каждое из предопределенных правил - хотите ли вы, чтобы они применялись или нет, и возможный порог для некоторых проверок.
Чтобы ответить на ваши вопросы - да ВСЕ из PHP правил MD могут быть написанный как CodeSniffer, нюхает, но пока у кого-то не хватит времени и терпения - мы можем продолжать использовать оба:)
Например, некоторые из правил PHPMD уже существуют в PHPCS, например, сложность: https://github.com/squizlabs/PHP_CodeSniffer/blob/master/src/Standards/Generic/Sniffs/Metrics/CyclomaticComplexitySniff.php
Также для размеров функций / методов и других подобных проверок в PHPMD, вот стандарт для PHPCS, который имеет некоторые из них:
https://github.com/object-calisthenics/phpcs-calisthenics-rules
И вы можете искать больше, если вам действительно нравится мимировать c все. И сами заполните недостающие.
Но в большинстве случаев вы можете использовать оба варианта и не беспокоиться об их объединении, если у вас нет времени, терпения или каких-либо аппаратных / вычислительных / временных ограничений.