Если вы хотите отфильтровать пиксели, вы можете проверить ответ на вопрос, упомянутый в комментариях
Если вам нужны координаты всех пикселей, может помочь следующий код:
from PIL import Image
import numpy as np
img = Image.open('/your_pic.png')
width, height = img.size
x, y = np.meshgrid(range(width), range(height))
coordinate = np.concatenate([img.getdata(), x.reshape(-1, 1), y.reshape(-1, 1)], axis=1)
Тогда вы получите ndarray с [R, G, B, Alpha, X, Y].
array([[ 0, 0, 0, 255, 0, 0],
[ 0, 0, 0, 255, 1, 0],
[ 0, 0, 0, 255, 2, 0],
...,
[ 0, 0, 0, 255, 663, 665],
[ 0, 0, 0, 255, 664, 665],
[ 0, 0, 0, 255, 665, 665]])