В Sphinx исходный файл reStructuredText input.rst по умолчанию будет преобразован в выходной файл с тем же именем (но с другим расширением), например, input.html.
Это можно добавить некоторую директиву в input.rst, например, например:
.. output_filename: output
, чтобы сгенерированный файл HTML назывался output.html вместо?