R не находит функцию anno_simple () при создании аннотации строки с использованием пакета ComplexHeatmap - PullRequest
Новая
       10

R не находит функцию anno_simple () при создании аннотации строки с использованием пакета ComplexHeatmap

1 голос
/ 07 марта 2020

Я пытаюсь создать тепловую карту с аннотацией строки, включающей значения p, как описано в примере в руководстве по использованию пакета ComplexHeatmap (https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/heatmap-annotations.html#simple -аннотация ).

Я попытался воспроизвести пример: 

library(ComplexHeatmap)
library(circlize)  # colorRamp2 function

set.seed(123)
pvalue = 10^-runif(10, min = 0, max = 3)
is_sig = pvalue < 0.01
pch = rep("*", 10)
pch[!is_sig] = NA

# color mapping for -log10(pvalue)
pvalue_col_fun = colorRamp2(c(0, 2, 3), c("green", "white", "red"))
ha = HeatmapAnnotation(
   pvalue = anno_simple(-log10(pvalue), col = pvalue_col_fun, pch = pch),
   annotation_name_side = "left")
ht = Heatmap(matrix(rnorm(100), 10), name = "mat", top_annotation = ha)

# now we generate two legends, one for the p-value
# see how we define the legend for pvalue
lgd_pvalue = Legend(title = "p-value", col = pvalue_col_fun, at = c(0, 1, 2, 3),
   labels = c("1", "0.1", "0.01", "0.001"))

# and one for the significant p-values
lgd_sig = Legend(pch = "*", type = "points", labels = "< 0.01")

# these two self-defined legends are added to the plot by `annotation_legend_list`
draw(ht, annotation_legend_list = list(lgd_pvalue, lgd_sig))

, но когда я создаю аннотацию ha, я получаю сообщение об ошибке 

Error in anno_simple(-log10(pvalue), col = pvalue_col_fun, pch = pch) :
 could not find function "anno_simple"

, вероятно, показывающее возможную проблему с пакет. Я использую версию пакета ComplexHeatmap 1.20.0. Версия R - 3.5.1.

Не могли бы вы помочь мне решить эту проблему?

Спасибо

...