интересная проблема, так как вы хотите разную точность для разных чисел. Вот один из обходных путей
$ awk '{d=length($1); printf "%."d"f\n", $1/100}' file
0.00123456789012
0.00123456789012345
0.0012345678901234567
, который также должен охватывать числа больше 1.
$ awk '{d=length($1); if($1>1) d+=1-length(int($1)); printf "%."d"f\n", $1/100}' file
может потребоваться настроить для отрицательных чисел ...