Вы можете сделать:
update mytable
set exception = case when cnt > 1 then 'Y' else 'N' end
from (
select substring(card_no, 1, 6) sub_card_no, count(*) cnt
from mytable
group by 1
) t
where t.sub_card_no = substring(mytable.card_no, 1, 6)
Я мог бы более эффективно использовать оконные функции:
update mytable
set exception = case when cnt > 1 then 'Y' else 'N' end
from (
select card_no, count(*) over(partition by substring(card_no, 1, 6)) cnt
from mytable
) t
where t.card_no = mytable.card_no