В конце концов, я выяснил причину.
Инструмент ресурсов Visual Studio (я полагаю, он отвечает за генерацию содержимого файла .resx) делает предположение, что пути к файлам нечувствительны к регистру, и генерирует все пути к файлам в нижний регистр (то есть data \ example.yaml ). В то же время базовый docker образ, используемый для сборки, основан на Linux, где пути чувствительны к регистру.
<data name="Example" type="System.Resources.ResXFileRef, System.Windows.Forms">
<value>data\example.yaml;System.String, mscorlib, Version=4.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=b77a5c561934e089;utf-8</value>
</data>
Итог: тем не менее, рабочим решением было вручную отредактировать файл .resx (или использовать в нижнем регистре, где это необходимо), мы решили вообще не использовать ресурсы. Похоже, больше нет должной поддержки.