Без предложения order by
база данных может возвращать строки в любом порядке и обычно просто возвращает их в зависимости от того, какой из них быстрее. Очевидно, что строка, которую вы недавно обновили, будет в некотором кеше и, таким образом, будет возвращена первой.
Если вам нужно полагаться на порядок возвращаемых строк, вам нужно явно указать это, например:
SELECT users.id, users.name, company_id, updated_at
FROM "users"
WHERE (TRIM(telephone) = '8973847' AND company_id = 90)
ORDER BY id -- Here!
LIMIT 20 OFFSET 0