Используйте Oracle clob в предикате, созданном из String> 4k

Question

Я пытаюсь создать clob из строки> 4000 символов (предоставленной в переменной связывания file_data) для использования в предикате Oracle SELECT ниже:

myQuery=
select *
from dcr_mols
WHERE flexmatch(ctab,:file_data,'MATCH=ALL')=1;

Если я добавлю TO_CLOB () вокруг file_data не соответствует печально известному пределу Oracle 4k для varchar (это хорошо для строк <4k). Ошибка (в SQL Developer): </p>

ORA-01460: unimplemented or unreasonable conversion requested
01460. 00000 -  "unimplemented or unreasonable conversion requested"

FYI Функция flexmatch используется для поиска молекул и описана здесь: http://help.accelrysonline.com/ulm/onelab/1.0/content/ulm_pdfs/direct/developers/direct_2016_developersguide.pdf

Сама функция немного сложна, но суть в том, что второй параметр должен быть clob. Поэтому мой вопрос заключается в том, как преобразовать Java String bind_variable из более чем 4000 символов в сгусток в sql (или Java).

Я попробовал метод ниже (который работает при вставке сгустков) в Java (Spring boot 2), используя:

MapSqlParameterSource parameters = new MapSqlParameterSource();
parameters.addValue("file_data", fileDataStr,Types.CLOB);
jdbcNamedParameterTemplate.query(myQuery,parameters,…

Этот метод должен работать, но он не работает с конвертированной ошибкой flexmatch, к которой следует добавить:

SQL state [99999]; error code [29902]; ORA-29902: error in executing ODCIIndexStart() routine\nORA-20100: 
MDL-0203: Unable to read from CLOB (csfrm=1, csid=873): 
ORA-22922: nonexistent LOB value\nMDL-0021: Unable to copy LOB to string\nMDL-1051: Molstructure search query is not a valid molecule\nMDL-0976: 
Molecule index search initialization failed\nORA-06512: at \"C$MDLICHEM80.MDL_MXIXMDL\", line 329\nORA-06512: at \"C$MDLICHEM80.MDL_MXIXMDL\", line 309\n; nested exception is java.sql.SQLException: 
ORA-29902: error in executing ODCIIndexStart() routine\nORA-20100: MDL-0203: Unable to read from CLOB (csfrm=1, csid=873): 
ORA-22922: nonexistent LOB value\nMDL-0021: Unable to copy LOB to string\nMDL-1051: Molstructure search query is not a valid molecule\nMDL-0976: 
Molecule index search initialization failed\nORA-06512: at \"C$MDLICHEM80.MDL_MXIXMDL\", line 329\nORA-06512: at \"C$MDLICHEM80.MDL_MXIXMDL\", line 309\n"

Обратите внимание, я использую SpringBoot 2, но я не могу получить какой-либо метод, использующий OracleConnection (полученный из моего объекта Spring NamedParametersJdbcTemplate) для работы (даже с clobs <4k), поэтому я подозреваю, что сделал что-то глупое. Я пробовал: </p>

 @Autowired
 NamedParameterJdbcTemplate  jdbcNamedParameterTemplate;
OracleConnection conn =  this.jdbcNamedParameterTemplate.getJdbcTemplate().getDataSource().getConnection().unwrap(OracleConnection.class);
Clob myClob =  conn.createClob();
myClob.setString( 1, fileDataStr);
MapSqlParameterSource parameters = new MapSqlParameterSource();
parameters.addValue("file_data", myClob,Types.CLOB);

application.properties:

spring.datasource.url=jdbc:oracle:thin:@//${ORA_HOST}:${ORA_PORT}/${ORA_SID}
spring.datasource.username=${ORA_USER}
spring.datasource.password=${ORA_PASS}

Обратите внимание, что он отлично работает, если я go старой школы и использую не пружинное соединение плюс PreparedStatement, который имеет метод setClob ():

OracleDataSource ods = new OracleDataSource();
String url ="jdbc:oracle:thin:@//" + ORA_HOST +":"+ORA_PORT +"/"+ORA_SID;
ods.setURL(url);
ods.setUser(user);
ods.setPassword(passwd);
Connection conn = ods.getConnection();
Clob myClob=conn.createClob();
PreparedStatement ps = conn.prepareStatement("select dcr_number from dcr_mols WHERE flexmatch(ctab,?,'MATCH=ALL')=1");
myClob.setString(1,myMol);
ps.setClob(1,myClob);
ResultSet rs =ps.executeQuery();

Но я бы предпочел решение Spring 2 в Java или Sql. Любая помощь, предложения приветствуются.

Answer 1

Поток. Вы не можете просто вставить огромное значение в оператор SQL.

Вам необходимо:

• Вставить пустой BLOB в оператор INSERT (используя EMPTY_BLOB ()? ... не совсем помню).
• Получить поток вывода для пустого большого двоичного объекта.
• Затем получить поток ввода из файла. Пожалуйста, не загружайте весь файл в память.
• Затем перенесите блоки из входного потока в выходной поток, используя буферизацию. Буфер 16 КБ должен делать.
• Закрыть оба потока.

Это стандартный способ работы с массивными данными в Oracle. Существует множество примеров.

Получение массивных данных (типы BLOB и CLOB) работает одинаково. Просто используйте InputStreams в этом случае.

Answer 2

Мне пришлось вернуться к использованию PreparedStatement, но я немного улучшил обычную реализацию, получив соединение от Spring и используя apache commons BeanListHandler для сопоставления ResultSet с объектом List

import org.apache.commons.dbutils.ResultSetHandler;
import org.apache.commons.dbutils.handlers.BeanListHandler;

@Autowired
DataSource dataSource;

List<MyDao> myMethod(String fileData){
    String myQuery="select * from dcr_mols WHERE flexmatch(ctab,?,'MATCH=ALL')=1";

try {
    Connection conn = this.dataSource.getConnection()   // Get connection from spring

    Clob myClob =  conn.createClob();   // Open a dB clob 
    myClob.setString( 1, fileData);     // add data to clob
    PreparedStatement ps = conn.prepareStatement(myQuery);
    ps.setClob(1,myClob);              // Add a clob into the PreparedStatement
    ResultSet rs =ps.executeQuery();   // Execute the prepared statement

    //ResultSetHandler<List<MyDao>> handler = new BeanListHandler<MyDao>(MyDao.class);   // Define the ResultSet handler
    ResultSetHandler<List<MyDao>> handler = new BeanListHandler<MyDao>(MyDao.class, new BasicRowProcessor(new GenerousBeanProcessor()));  // This is better than the above handler , because GenerousBeanProcessor removes the requirement for the column names to exactly match the java variables

    List<MyDao> myDaoList = handler.handle(rs);   // Map ResultSet to List of MyDao objects
    }catch (Exception e) {
        e.printStackTrace();
    }

return myDaoList;
}

Answer 3

Вы можете вызвать свою старую функцию моды следующим образом. создайте класс для обработки ResultSet

 class MyPreparedStatementCallback implements PreparedStatementCallback {
    public Object doInPreparedStatement(PreparedStatement preparedStatement)
            throws SQLException, DataAccessException {
        ResultSet rs = preparedStatement.executeQuery();
        List result = new LinkedList();
        rs.close();
        return result;
    }
}

и вызовите свой запрос, используя JdbcTemplate в вашем методе

 jdbcTemplate.execute(new PreparedStatementCreator() {
        @Override
        public PreparedStatement createPreparedStatement(Connection connection)

                throws SQLException, DataAccessException {

            PreparedStatement ps = connection.prepareStatement("select dcr_number from dcr_mols WHERE flexmatch(ctab,?,'MATCH=ALL')=1");
            Clob myClob =  connection.createClob();
            myClob.setString( 1, fileDataStr);
            MapSqlParameterSource parameters = new MapSqlParameterSource();
            parameters.addValue("file_data", myClob, Types.CLOB);
            ps.setClob(1,myClob);
            return ps;

        };
    }, new MyPreparedStatementCallback());

Answer 4

Читая документацию по API "BIOVIA Direct", на странице 27 есть интересный пример, фрагмент которого показан ниже:

select ...
from ...
where flexmatch(
ctab,
(select ctab from nostruct_table),
'all'
)=1

Используется уже загруженный CLOB. Поэтому я думаю, что достаточно приличное решение было бы загрузить CLOB в вашу таблицу (или предварительно загрузить их все заранее), а затем просто использовать их.

Шаг # 1 - Загрузите свой CLOB в таблицу:

create table mol_file (
  id number(12) primary key not null,
  content clob
);

insert into mol_file (id, content) values (:id, :content);

И используйте свой код Java для выполнения вставки CLOB (возможно, с использованием потоков) как показано в другом ответе (множество примеров в Inte rnet). Например, вставьте содержимое данных mol с идентификатором = 123.

Шаг № 2 - выполните запрос, используя уже загруженный файл mol:

select *
from dcr_mols
WHERE flexmatch(
        ctab,
        (select content from mol_file where id = :id),
        'MATCH=ALL'
      ) = 1;

Вы можете установить для параметра :id значение 123, чтобы использовать загруженный ранее файл (или любой другой).

Answer 5

Вы можете объявить fileDataStr как CLOB, используя con, который является соединением

java.sql.Clob fileDataStr = oracle.sql.CLOB.createTemporary
(con, false, oracle.sql.CLOB.DURATION_SESSION);

, а затем использовать его, как показано ниже

 parameters.addValue("file_data", fileDataStr,Types.CLOB);

Также, если вы используете SID вместо имени службы в Строка подключения. Попробуйте изменить файл свойств, как показано ниже

spring.datasource.url=jdbc:oracle:thin:@//${ORA_HOST}:${ORA_PORT}:${ORA_SID}