Беглый взгляд на WSDL4J (прошло уже много времени с тех пор, как я работал непосредственно с этим проектом), что нет возможности специально предотвратить чтение импортированных схем. Возможно, вы наткнулись на ошибку в механизме десериализации схем WSDL4J. Тем не менее, если вас не интересует содержимое каких-либо схем, в том числе встроенных в документ WSDL, вы можете зарегистрировать собственный реестр расширений (просто измените класс PopulatedExtensionRegistry, чтобы исключить SchemaDeserializer).
В частности, пропустите следующие строки:
mapExtensionTypes(Types.class, SchemaConstants.Q_ELEM_XSD_1999,
SchemaImpl.class);
registerDeserializer(Types.class, SchemaConstants.Q_ELEM_XSD_1999,
new SchemaDeserializer());
registerSerializer(Types.class, SchemaConstants.Q_ELEM_XSD_1999,
new SchemaSerializer());
mapExtensionTypes(Types.class, SchemaConstants.Q_ELEM_XSD_2000,
SchemaImpl.class);
registerDeserializer(Types.class, SchemaConstants.Q_ELEM_XSD_2000,
new SchemaDeserializer());
registerSerializer(Types.class, SchemaConstants.Q_ELEM_XSD_2000,
new SchemaSerializer());
mapExtensionTypes(Types.class, SchemaConstants.Q_ELEM_XSD_2001,
SchemaImpl.class);
registerDeserializer(Types.class, SchemaConstants.Q_ELEM_XSD_2001,
new SchemaDeserializer());
registerSerializer(Types.class, SchemaConstants.Q_ELEM_XSD_2001,
new SchemaSerializer());