Я хочу, чтобы моя ось Y была такой
Но если я сделаю plt.ylim(0.001, 1000), она масштабируется следующим образом
plt.ylim(0.001, 1000)
Как я могу это исправить?
Попробуйте semilogy(x, y), а затем установите y-limit, как вы показали.
semilogy(x, y)
y-limit