Мы можем использовать rle
daynight <- c(NA, NA, NA, NA ,2 ,1, NA, NA)
x <- 3
r <- 3
daynight[with(rle(is.na(daynight)), rep(lengths >= x & values, lengths))] <- r
daynight
#[1] 3 3 3 3 2 1 NA NA
Взяв другой пример:
daynight <- c(NA, NA, NA, 3,2,1, NA, NA, 1, NA, NA, NA, 1, NA, NA)
daynight[with(rle(is.na(daynight)), rep(lengths >= x & values, lengths))] <- r
#[1] 3 3 3 3 2 1 NA NA 1 3 3 3 1 NA NA