Вы можете сначала изменить свой массив в матрицу 4 × 3, затем вычесть его, а затем изменить его обратно. Например:
(A.reshape(-1, 4) - B).flatten()
Например:
>>> A
array([8, 7, 1, 4, 6, 2, 5, 4, 6, 8, 8, 1])
>>> B
array([7, 4, 2, 1])
>>> (A.reshape(-1,4) - B).flatten()
array([ 1, 3, -1, 3, -1, -2, 3, 3, -1, 4, 6, 0])