Допустим, в вашем файле столбцы разделены пробелами, и вы захотите скопировать номер столбца 3. Затем вы можете сделать что-то вроде этого:
col_idx = 2 # third column
with open('pb_rt_copy.txt','w') as f1:
for line in f:
col_text = line.split(' ')[col_idx]
f1.write(col_text)