Возможно, вы можете применить их отдельно.
library(data.table)
Y <- X[id > 2][,ss := paste(id, L)]
Y
# id L ss
#1: 3 c 3 c
#2: 4 d 4 d
#3: 5 e 5 e
Вы можете добавить na.omit
к вашей попытке удалить NA
значения
na.omit(X[id > 2, 'ss' := paste(id, L)])
Или снова подмножество
X[id > 2, 'ss' := paste(id, L)][id > 2]