Процент - это просто площадь пересечения над областью (другого) многоугольника: area(intersection)/area(polygon2)
.
По сути, любой из пакетов геометрии должен иметь возможность вычислять это, поскольку все они поддерживают функции площади и пересечения: I думаю, что Geo pandas, SymPy, Shapely (и другие, которые я пропустил) должны быть в состоянии сделать это. Там могут быть различия в поддерживаемых форматах.
Вы не указали, какие гео-координаты вы используете. Я думаю, что Geo pandas и SymPy поддерживают только 2D-карты (плоская карта) - это означает, что вам нужно использовать соответствующую проекцию для получения точного результата, а Shapely работает со сферической моделью Земли.