проблема с python: неопределенный символ: sqmI

Question

Я установил на свою Ubuntu этот пакет: pyinteraph.py после установки, у меня есть эта проблема:

File "/home/user/Scrivania/PyInteraph-1.0/test/pyinteraph/pyinteraph", line 162, in <module>
 from libinteract import libinteract as li
  File "/home/user/Scrivania/PyInteraph-1.0/test/lib/python/libinteract/libinteract.py", line 8, in <module>
    from innerloops import LoopDistances
ImportError: /home/user/Scrivania/PyInteraph-1.0/test/lib/python/libinteract/innerloops.so: undefined symbol: sqmI

Я не знаю, как это исправить

Answer 1

Мне удалось установить и заставить его работать на моей машине с несколькими настройками ... Это определенно не идеально, надеюсь, что сопровождающие пакета смогут обновить инструкции по установке.

Вот что я сделал:

1. создайте новый каталог для вашего проекта, mkdir myproj
2. измените каталоги на новый каталог cd myproj
3. создайте новый virutalenv virtualenv --python=python2.7 venv
4. активировать virutalenv source venv/bin/activate
5. pip install numpy scipy matplotlib networkx weave
6. pip install MDAnalysis==0.7.6
7. Клон репозитория pyinteraph: git clone https://github.com/ELELAB/pyinteraph.git
8. cd pyinteraph
9. python setup.py install
10. (вот где это становится немного хакерским ...) из-за этой проблемы здесь со scipy нам нужно отредактировать файл MDAnalysis в импорт weave вместо scipy.weave. Измените пару строк в файле venv/lib/python2.7/site-packages/MDAnalysis/analysis/distances.py с:

import numpy
from scipy import sparse
from scipy import weave
from scipy.weave import converters

на

import numpy
from scipy import sparse
#  from scipy import weave
#  from scipy.weave import converters

import weave
from weave import converters

Затем, чтобы проверить, работает ли он, откройте оболочку python и попробуй:

from libinteract import libinteract

Если ошибок нет, тебе хорошо go.