Может быть неплохо запустить несколько стандартных тестов для сгенерированного MSI. MSI-файлы поддерживают множество различных сценариев развертывания: установка с помощью администратора для извлечения файлов, установка с объявлением для активного каталога, установка без вывода сообщений, установка с обслуживанием, удаление и т.д. даже учитывая, что я знаю о наборе инструментов WIX.
Тем не менее, я думаю, что первым, лучшим шагом к созданию качественной установки было бы запустить MSI через пакет проверки MSI. Они называются ICE (внутренними оценщиками согласованности) и поставляются в виде файла * .cub с пакетом Windows Installer SDK. Выполнение этих скриптов, как правило, выявляет множество плохих конструктивных решений в MSI. Инструмент WIX для этого называется smoke.exe.