Ладно, нашел проблему - ПЕБКА C. Я создал группу поставщиков с доступом только к папке для проекта, над которым работает поставщик. В TFS это может быть проблемой, потому что им нужен доступ для чтения, чтобы пройти путь к папке. Я предоставил групповой доступ на root. Затем я отказал в доступе на чтение для каждой подпапки ниже root, кроме той, которая требуется поставщику. Похоже, что я, как администратор группы, был автоматически добавлен в группу ... и запрет имел приоритет. После того, как я удалился из группы, у меня снова был доступ.
Отрицание - это всегда то, чего следует избегать, если это вообще возможно, потому что оно имеет приоритет. Я не знаю, как этого избежать. Просто рад, что я отказал себе в доступе, чтобы исправить это - надеюсь, что это невозможно как владелец организации.
Странность наличия доступа к некоторым папкам, а не к другим, заключалась в том, что я не закончил установку запрета чтения в этих папках.