Вы можете использовать один из следующих
let query = {};
query = {...query,$or:[ { 'quantity': { $gt: 0 } }, { type: { $in: [ITEM_TYPE_A, ITEM_TYPE_B] } }]};
или
query = Object.assign({}, query, { $or: [ { 'quantity': { $gt: 0 } }, { type: { $in: [ITEM_TYPE_A, ITEM_TYPE_B] } }]});
или
query["$or"] = [ { 'quantity': { $gt: 0 } }, { type: { $in: [ITEM_TYPE_A, ITEM_TYPE_B] } }];