Проблема в вашем переводе, который перемещает ваши элементы вверх независимо от пределов страницы.
transform: translate(-50%, -50%);
Вы можете настроить преобразование на нет в вашем медиа-запросе для небольшого разрешения или найти другой способ центрировать ваш div при использовании размера рабочего стола.
Попробуйте это
@media (max-width: 1000px) {
.container {
display: flex;
flex-direction: column;
transform: translate(50%, 0%);
top: 0;
left: 0;
}