Надеюсь, это поможет:
$r = shell_exec('openssl req -noout -text -in '. $csr)
^- a space here!
для моего теста, однако openssl не напечатал Alt Name субъекта, поэтому я покажу, как получить Subject:
preg_match('/Subject:\s*(.*)\n/', $r, $matches);
$subject = $matches[1];