По умолчанию перезаписывается, однако вы можете изменить это действие на одну из нескольких возможностей, указав функции, как обрабатывать столкновения:
, например, передача EXTR_SKIP
в качестве второго параметра, например, extract($array,EXTR_SKIP)
, приведет к пропуску коллизий.
Полное использование подробно описано здесь: http://php.net/manual/en/function.extract.php