Используйте GMP, библиотеку GNU Multi-Precision, которая включает в себя gmp_scanf, поддерживающую произвольные целые числа точности, и широко поддерживается и доступна в большинстве систем.
Обратите внимание, что вам также придется использовать его для любых последующих операций с большими целыми числами (типа mpz_t), таких как их печать, а также арифметика c, но использовать ее довольно просто.
(я сейчас на своем телефоне, иначе приведу пример использования, но в документах также много примеров).