Кластеризация: этапы быстрого переноса превышены максимально - PullRequest
0 голосов
/ 08 марта 2020

Я определяю оптимальное количество кластеров. Я хочу сравнить 2 разных способа определения оптимального количества кластеров. Таким образом, я покажу Внутреннюю сумму квадратов и Gap-Stat:

#Load the packages we will be using and read in the data
library(ggmap)
library(ggplot2)
library(tidyverse)
library(dplyr)
library(NbClust)
library(factoextra)
library(readxl)
library(kableExtra)

#Load dataset
testData6<-read_xlsx("C:/Users/David/Desktop/Data.xlsx")
#Look at the first 6 rows of data in the testData6 dataframe:
df<-head(testData6)
kable(df) %>%
  kable_styling(bootstrap_options = "striped", font_size= 10, full_width = F)

set.seed(20)
Test1<-scale(na.omit(data.matrix(testData6)[-1]))


wssplot <- function(Test1, nc=10, seed=123){
  wss <- (nrow(Test1)-1)*sum(apply(Test1,2,var))
  for (i in 2:nc){
    set.seed(seed)
    wss[i] <- sum(kmeans(Test1, centers=i)$withinss)}
  plot(1:nc, wss, type="b", xlab="Number of Clusters",
       ylab="Within groups sum of squares")}
#Original Within Sum Squares plot
wssplot(Test1, nc=10)

fviz_nbclust(Test1, kmeans, method = "wss") +
  geom_vline(xintercept = 4, linetype = 2)+
  labs(subtitle = "Within Sum of Squares")

fviz_nbclust(Test1, kmeans, nstart = 20, method = "gap_stat", nboot = 100)+
  labs(subtitle = "Gap-Stat")

Однако у меня возникла проблема, когда я запускаю последнюю строку кода:

Проблема :

> fviz_nbclust(Test1, kmeans, nstart = 20, method = "gap_stat", nboot = 100)+
+   labs(subtitle = "Gap-Stat")
Clustering k = 1,2,..., K.max (= 10): .. done
Bootstrapping, b = 1,2,..., B (= 100)  [one "." per sample]:
.................................................. 50 
.................................................. 100 
Warning messages:
1: Quick-TRANSfer stage steps exceeded maximum (= 121200) 
2: Quick-TRANSfer stage steps exceeded maximum (= 121200) 
3: Quick-TRANSfer stage steps exceeded maximum (= 121200) 
4: Quick-TRANSfer stage steps exceeded maximum (= 121200) 
5: Quick-TRANSfer stage steps exceeded maximum (= 121200) 
6: Quick-TRANSfer stage steps exceeded maximum (= 121200) 
7: Quick-TRANSfer stage steps exceeded maximum (= 121200) 
8: Quick-TRANSfer stage steps exceeded maximum (= 121200) 
9: Quick-TRANSfer stage steps exceeded maximum (= 121200) 
10: Quick-TRANSfer stage steps exceeded maximum (= 121200)

Может кто-нибудь помочь мне? Я не смог решить проблему. Большое спасибо!

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...