Я думаю, что аннотирование, если оно делает код проще, - это хорошая идея, но вы должны посмотреть на то, что уже есть, и, по крайней мере, использовать то, что может быть стандартом для имен ваших аннотаций. Например, вы можете посмотреть на JDBC 4.0 на Java (http://onjava.com/pub/a/onjava/2006/08/02/jjdbc-4-enhancements-in-java-se-6.html?page=2), или Spring в качестве примера.
Это сделает две вещи. Во-первых, если вы решите перейти к использованию этих аннотаций в какой-то момент и избавиться от своих собственных, то ваш код не изменится. Во-вторых, это сокращает кривую обучения для других.
Ваши аннотации могут не попадать в базу данных, но существует множество моделей аннотаций, просто будьте уверены, если вы создаете свои собственные новые имена, которые вы делаете что-то достаточно уникальное, иначе это может сбить с толку тех, кому нужно читать ваш код.