Начиная с Spring-Boot 1.2.4 вы можете отключить ведение журнала со свойствами ( Github-проблема ):
logging.level.liquibase=off
Если вы просто хотите удалить часть SQL и по-прежнему видеть что-то вроде Table MY_TABLE created.
, тогда просто удалите исполнителя:
logging.level.liquibase.executor=off