Я полагаю, у вас есть проблема совместимости между версиями Mplab X IDE.
В соответствии с этим документом вы должны выбрать Да при открытии старого проекта с более новая версия MpLab, чтобы она могла изменять все сгенерированные файлы, которые необходимы компилятору для построения проекта.
Также следует учитывать тот факт, что более новая версия MpLab также поставляется с более новой версией компилятора, который из курса может быть изменен обратно на старую версию в настройках проекта.