Да, вы понимаете, это правильно. У вас есть источник и цель, и вы проверяете для каждой строки в источнике, существует ли она в цели.
То, что обновляется, всегда является целью - в зависимости от настроек вы можете вставить новую строку, обновить или удалить существующие - в зависимости от того, что вы выберете.
Но источник никогда не затрагивается - только чтение. Это так, и это по замыслу (и это хорошо, ИМХО).