У меня все работает, когда я запускаю чанки, но возникает ошибка, когда я решаю связать мой .rmd файл
########### needed for testing purpose #################
library(tree)
set.seed(77191)
library(ISLR)
library(randomForest)
attach(Carseats)
n=nrow(Carseats)
indices=sample(1:n,n/2,replace=F)
cstrain=Carseats[indices,]
cstest=Carseats[-indices,]
tree.cs <- tree(Sales ~. , data = cstrain)
summary(tree.cs)
plot(tree.cs)
text(tree.cs)
y_hat <-predict(tree.cs, newdata = cstest)
test.mse =mean((y_hat - cstest$Sales)^2) #Test's MSE
test.mse
######################################################
# 2nd chunk
cv.cs <- cv.tree(tree.cs)
cx =cv.cs$size
cy =cv.cs$dev
mymy <- xy.coords(cx,cy)
plot(mymy, xlab = "size", ylab = "dev", type = "b")
mini.tree <-which.min(cv.cs$dev)
points(mini.tree,cv.cs$dev[mini.tree], col="green", cex= 2, pch = 20)
2-й чанк Выход: 
#3rd chunk
#pruning
prune.cs <- prune.tree(tree.cs, best = mini.tree)
plot(prune.cs) # the problematic part
y_hat <- predict(prune.cs, newdata = cstest)
mean((y_hat - cstest$Sales)^2)
3-й блок должен дать что-то похожее на это: 
Не дубликат:
'x' - список, но он нет компонентов 'x' и 'y'
Ошибка в xy.coords (x, y, xlabel, ylabel, log): «x» - это список, но не имеет компоненты 'x' и 'y'
Не удалось решить проблему:
Установить классификатор дерева решений для данных; Ошибка в коде
Я знаю о координатах, которые требуется plot () для запуска, но здесь я пытаюсь построить дерево. Кроме того, раньше он работал много раз, но не просто связал файл.
1-й патрон добавляется на случай, если вы захотите попробовать его самостоятельно.
Спасибо.